جاء تشكيل المجلس عقب اتفاق بين المجلس العسكري الانتقالي وتحالف قوى إعلان الحرية والتغيير السوداني، حيث اتفق الجانبان على أن يكون أعضاؤه من 11 شخصًا، خمسة عسكريين يختارهم المجلس الانتقالي وخمسة مدنيين يختارهم تحالف قوى التغيير بالإضافة إلى مدني يتفق الجانبان على اختياره. وكان من المفترض أن يعلن تشكيل المجلس بشكل رسمي في 19 أغسطس 2019، إلا أن ذلك تأجّل بسبب سحب قوى التحالف قائمة مرشحيه بسبب خلافات داخلية، ثم عاد وقدّم قائمة ثانية في 20 أغسطس 2019، إثرها صدر مرسوم دستوري بتشكيل المجلس السياسي في نفس اليوم، ونُشرت أسماء أعضاء المجلس ونص المرسوم على تولّي عبد الفتاح البرهان رئاسة المجلس، حيث أدّى القسم الدستوري صباح يوم الأربعاء 21 أغسطس 2019، وذلك أمام مجلس القضاء السوداني، بينما أدّى أعضاء المجلس السيادي القسم ظهر ذات اليوم أمام رئيس المجلس السيادي. وبتشكيل المجلس السيادي حُلّ رسميًا المجلس العسكري الانتقالي الذي حكم البلاد منذ عزل الرئيس السوداني عمر البشير في 11 أبريل 2019

1. تعيين رئيس مجلس الوزراء الذي تختاره قوى الحرية والتغيير.
2. اعتماد أعضاء مجلس الوزراء الذين يعينهم رئيس مجلس الوزراء.
3. اعتماد ولاة الولايات بعد تعيينهم من رئيس مجلس الوزراء.
4. اعتماد تعيين أعضاء المجلس التشريعي الانتقالي.
5. الموافقة على تشكيل مجلس القضاء العالي.
6. اعتماد تعيين رئيس القضاء وقضاة المحكمة العليا ورئيس وأعضاء المحكمة الدستورية بعد ترشيحهم من قبل مجلس القضاء العالي.
7. الموافقة على تعيين النائب العام بعد اختياره من قبل مجلس الوزراء.
8. اعتماد سفراء السودان في الخارج بترشيح من مجلس الوزراء.
9. قبول واعتماد السفراء الأجانب لدى السودان.